菊花花色改良的育种依赖于常规育种和非常规育种方式，而目前丰富的花色变异类型主要来源于有性杂交、诱变育种和转基因育种技术手段。很多菊花品种能够在外层细胞中产生周缘嵌合体从而形成丰富的花色，这种巨大的变异潜力在其他观赏植物中并不多见，因此诱变育种在18世纪就广泛应用到菊花的花色育种中并得到了丰富的变异类群。另外，菊花花序中存在类黄酮和类胡萝卜素两种色素的合成途径，随着对这两种代谢通路的深入研究，找到关键的花色素合成基因进行基因工程育种也得到了花色改良的株系。这种手段较其他育种方式具有育种周期短、改良具有定向性的特点，随着转基因技术的日趋成熟，也必将成为菊花花色育种的重要手段。

 

属间杂交培育菊花新花色：由于菊花杂种后代花色分离广泛，有的甚至出现超亲本花色的个体，根据其杂色出现的几率可培育出具极高观赏价值的奇色（蓝色和墨色等）个体，使菊花花色更加丰富。研究者利用胚胎拯救技术等手段试图解决菊属种间杂交不亲和的问题。在菊科中，有很多具有蓝色花物种的属，比如蓝目菊属、紫菀属、翠菊属等，一些研究者对属间杂交的探讨对于解决属间杂交不亲和的问题，利用菊科具有蓝色花的属的植物通过常规的育种技术培育蓝色菊花也不是没有可能的。

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利用菊花丰富的花色遗传资源进行突变选种：相比于其它观赏植物来说，菊花无论是自发突变率还是人工诱变率都很高。有研究者曾发现633个欧洲型菊花品种的三分之一来自于体细胞突变。一般突变的结果是形成一个品系的各种花色的品种。早期**常使用的方法是伽马辐射诱变改良花色，而近年来更多的报道是使用离子束辐射诱导花色变异，这种方法能够产生更高的线性能量交换、更多的沉积物以及电荷交换。有研究表明，辐射引起的花色的变化为：橙黄色→纯黄、橙黄→橙红、粉红→橙黄、红色→白色、红黄混合→红黄分离。一般来说，白色与黄色的花不易发生变色。

 

 

 

利用基因工程改良菊花花色：由于属间杂交的困难，以及目前诱变育种发现的花色变异有限，分子育种成为菊花花色改良的一条有希望的途径。使用基因工程对菊花花色进行改良的研究应基于量方面的理论基础：一是明确菊花花色形成的遗传调控网络中的关键节点，二是找到新奇花色（如蓝色）形成的有效的基因资源。在此基础上才能进行有效的分子设计，从而有望获得理想的花色改良株系。